Im 8. und 10. Jahrhundert, so berichten die Chroniken, wurde das Kloster von den Arabern geplündert und brandgeschatzt. Im 10. Jahrhundert fand der exilierte Katholikos Hovhannes hier in Ayrikvankh Asyl. Im 12. Jahrhundert wurzelt die Legende, dass der Apostel Thaddäus die Lanze, mit der Jesus getötet worden war, in das Kloster Geghard verbrachte, und die heute im Museum von Edschmiatsin zu sehen ist. Und wie wir es auch von hiesigen Reliquien kennen, soll es diese Lanze jedoch mehrfach auch in anderen christlichen Klöstern des Nahen Ostens geben.
Auch im 13. Jahrhundert ging es aufregend weiter, es wurde die Hauptkirche Kathoghikeh, Kapellen, eine Vorhalle und eine Krypta in den Felsen geschnitten. All dies ging in den 40er Jahren des 13. Jahrhunderts in den Besitz der Adelsfamilie Poschjan über, die den heiligen Ort für Ihre Begräbnisstätten vorsah.
In den folgenden nächsten 10-20 Jahren des 13. Jahrhunderts soll der Name Geghard Ayrikyankh abgelöst haben. Heute wie damals geht man durch einen dunklen Korridor und kommt in die älteste Kapelle die ungefähr 8 m breit ist. In ihr stehen 4 starke Säulen die die fast 9 m hohe Kuppel tragen. Das 16. Jahrhundert brachte mit dem Erdbeben 1679 Zerstörung und erst im 19. Jahrhundert begannen die ersten Restaurierungsarbeiten.
Nun können diese Fakten nur schwer die einzigartige Schönheit des Klosters beschreiben, die unglaubliche menschliche und architektonische Leistung in das vulkanische Gestein direkt eine Kirche zu hauen. Doch auch noch heute spürt man immer noch die Erhabenheit des Ortes.